Co wspaniałego i strasznego wydarzyło się za sprawą Mikołaja Kopernika? Jak doszło do największej rewolucji naukowej wszech czasów? Kto brał udział w obalaniu naukowych mitów, a komu na rękę było trwanie w nieprawdzie? Gdzie toczyła się walka o zrozumienie i zaakceptowanie nowego obrazu świata? Dlaczego zakazywano drukowania i czytania niektórych książek? Kiedy przestano dyskryminować, więzić, torturować i zabijać za głoszenie prawdy?

Zakazane księgi to historia ostatnich lat życia polskiego astronoma i burzliwych losów jego genialnego dzieła. Opowieść toczy się od czasów naiwnego odrodzenia poprzez mroczne oświecenie aż po czasy współczesne; przedstawia naukowe zmagania nie tylko Kopernika, ale również Keplera, Galileusza, Newtona, Kanta i innych uczonych. W tle teoretycznych sporów toczy się wielobarwne życie kulturalne, w którym biorą udział luminarze polskiej literatury, tacy jak Jan Kochanowski czy Ignacy Krasicki.

Powieść jest kontynuacją Rewolucji niebieskiej. Tomy te można nazwać Księgami Mikołajowymi i czytać je w dowolnej kolejności.